Le premier drapeau du Royaume du Lesotho a été adopté le 4 octobre 1966, lors de l'indépendance vis-à-vis du Royaume-Uni. Celui-ci représentait un chapeau Basotho, le mokorotlo de couleur blanche. Le bleu représentait le ciel et la pluie, le blanc signifiait la paix, le vertpour la terre et le rouge pour la foi.
Un nouveau drapeau réalisé par le sergent Retšelisitsoe Matete, fut adopté le 20 janvier 1987 durant un coup d'État ayant renversé le Parti National Basotho après 20 années au pouvoir. Un bouclier brun traditionnel du Basotho avec une sagaie (lance) et une knobkierrie (gourdin) remplace ainsi le chapeau Basotho. Les couleurs du drapeau changent également, avec un triangle blanc représentant la paix, un trianglevert pour la prospérité et une bande bleue qui les sépare et représente la pluie.